В статье рассмотрен приоритет государственной политики Республики Казахстан – сохранение и укрепление здоровья населения. В контексте данной проблемы немаловажную роль играет качество управления медицинскими учреждениями. В условиях экономического кризиса в здравоохранении необходимо повышение эффективности деятельности медицинских учреждений путем внедрения новых форм, методов и моделей управления. Факторы, затрудняющие управление организациями здравоохранения, можно условно разделить на две группы по способу возникновения: факторы внешней среды и факторы внутренней среды. В совокупности, взаимодействуя между собой, эти факторы приводят к торможению развития современной медицины. Таким образом, можно выделить основные проблемы, возникающие в процессе управления медицинскими учреждениями на современном этапе: проблема недофинансирования, низкий уровень доверия казахстанских граждан к системе здравоохранения, проблемы качества и доступности медицинских услуг, дефицит высококвалифицированных медицинских кадров, низкая управленческая квалификация руководителей организаций здравоохранения. Сделаны выводы по повышению качества услуг в сфере здравоохранения.